• Charles Darwin, La Variation des animaux et des plantes à l'état domestique, Genève, Slatkine, 2008, 956 p. Précédé de Patrick Tort, « L'épistémologie implicite de Charles Darwin ». Quatrième volume (tomes 21-22) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Charles Darwin, Esquisse au crayon de ma théorie des espèces (Essai de 1842), Genève, Slatkine, 2007, 160 p. Précédé de Patrick Tort, « Un manuscrit oublié ». Troisième volume (tome 10) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Charles Darwin, La Formation de la terre végétale par l'action des vers de terre, avec des réflexions sur leurs habitudes, Paris, Syllepse, 2001, 200 p. Précédé de Patrick Tort, « Un regard vers la terre ». Deuxième volume (tome 28) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Charles Darwin, La Filiation de l'homme, précédé de Patrick Tort, « L'anthropologie inattendue de Charles Darwin », Paris, Syllepse, 1999, 826 p. Premier volume publié (tome 22) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Herbert Spencer, Autobiographie (naissance de l'évolutionnisme libéral), précédé de « Spencer et le système des sciences », Paris, PUF, 1987, 560 p.

• La Querelle des analogues (Cuvier / Geoffroy Saint-Hilaire), présentation générale par Patrick Tort, Plan de la Tour, Éditions d'Aujourd'hui, 1983, 304 p. (épuisé).

• A. et A. Schott, Contes roumains, traduits de l'allemand par D. Modigliani, et précédés de « La patience du désir. Programme d'une autre analyse des contes », par Patrick Tort, Paris, Maisonneuve et Larose, 1982, 330 p., carte.

• Maupertuis, Vénus physique. Lettre sur le progrès des sciences, précédé de « L'ordre du corps », par Patrick Tort, Paris, Aubier, 1980, 176 p.

• Warburton, Essai sur les hiéroglyphes des Égyptiens. Édition savante, précédée de « Transfigurations : archéologie du symbolique », par Patrick Tort, Paris, Aubier, 1978, 416 p. + ill.